El PDR es cofinanciado por la Unión Europea a través del FEADER (Fondo Europeo Agrario de Desarrollo Rural) y, por parte de España, cofinancian la Administración General del Estado y la Comunidad de Madrid.
La cofinanciación del FEADER es variable dependiendo de las medidas y la región en que se aplique. En la Comunidad de Madrid, considerada región de competitividad, oscila desde un 53% en general hasta el 75% y 80% de cofinanciación FEADER para algunas operaciones vinculadas con el medio ambiente, el cambio climático o la innovación.
La Administración General del Estado, a través del Ministerio con competencias en desarrollo rural, se ha comprometido a cofinanciar el 30% de la parte nacional; por tanto la Comunidad de Madrid cubrirá el otro 70% de la parte nacional.
